Sebagaimana dicatat dalam sejarah, pembukuaan Al Quran baru dilaksanakan di era Khalifah Abu Bakar As Siddiq setelah wafatnya Nabi Muhammad. Hal ini dilakukan atas saran Umar Bin Khatab setelah melihat makin banyaknya para sahabat nabi penghafal Al Quran yang wafat. Perlu diketahui bahwa para sahabat Nabi di era itu merupakan penghafal Al Quran baik secara pelafadzan maupun secara tulisan. Khalifah Abu Bakar kemudian menunjuk Zaid bin Tsabit untuk menuliskan kembali dan mengumpulkan naskah-naskah catatan Al Quran kedalam 1 buku/musaf.
Di era Amirul Mukminin, Ustman bin Affan, ketika wilayah kaum muslimin semakin luas, semakin banyak kaum non arab yang memeluk Islam dan belajar Al Quran, pembukuaan Al Quran dilakukan kembali. Pada era tersebut ditemukan mulai banyak beredar perbedaan pembacaan/pelafadzan Al Quran dan cara penulisannya. Sehingga perlu dilakukan standarisasi. Amirul Mukminin kemudian membentuk tim untuk membukukan Al Quran. Tim terdiri dari yang beranggotakan Zaid bin Tsabit, Said bin Al-As, dan Abdurrahman bin Al-Harits.
Setelah selesai dan direview oleh para Sahabat Nabi kemudian kitab mushaf Al Quran, yang disebut mushaf Ustmani, diperbanyak dan disebarkan. Sementara kitab Al Quran lain dimusnahkan. Hal ini dalam rangka menyeragamkan bacaan dan tulisan Al Quran kaum muslimin di seluruh wilayah agar tidak terjadi perbedaan pelafadzan, makna dan tafsir.
Hal-hal yang berkenaan dengan aktivitas para sahabat Nabi dalam membukukan Al Quran setelah Nabi wafat tentu tidak bisa dikategorikan sebagai bid'ah. Aktivitas ini tidak merubah/mengurangi/menambah apa yang diajarkan Nabi Muhammad mengenai Al Quran, baik dari sisi pelafadzan/tilawah, tulisan, apalagi arti dan makna. Hal ini dilakukan dalam rangka menjaga Al Quran itu sendiri sehingga lestari/terjaga dan juga seragam dari sisi tulisan dan pelafadzan/tilawah.
Justru aktivitas tersebut kemudian mempermudah kaum muslimin yang tidak termasuk sahabat Nabi, non arab, baik di era itu maupun di era kemudian, serta kaum muslimin secara umum dalam mempelajari Al Quran dan meyakinkan diri bahwa bacaan Al Quran mereka seragam dengan yang dilakukan para Sahabat Nabi. Sehingga tidak menimbulkan bias makna dan arti.
Sama halnya dengan kebijakan penambahan tanda baca (titik dan harakat) dalam tulisan Al Quran. Kebijakan ini dilakukan di generasi Tabi'in yakni di era khalifah Abdul Malik bin Marwan. Di era itu, mulai ditemukan banyaknya kaum muslimin dari luar Arab melakukan kesalahan dalam membaca Al Quran. Berhubung Mushaf Ustmani di era itu belum memiliki tanda-tanda baca sehingga bagi kaum muslimin non arab yang baru belajar bahasa arab menjadi sulit dalam membaca Al Quran.
Maka Abdul Malik bin Marwan memerintahkan untuk memberi titik pada Al-Qur’an dan mengharakatinya. Hal ini dilakukan demi menjaga dan membentengi Al-Qur’an dari kecenderungan terjadinya perubahan, agar seragam, dan agar mudah dibaca, dipelajari, dan diajarkan.
Jadi penambahan tanda baca dan harakat juga tidak bisa dikategorikan sebagai bid'ah karena hal tersebut tidak merubah/mengurangi/menambah Al Quran. Justru memudahkan kaum muslimin mempelajarinya dan membacanya serta meyakinkan keseragaman dalam tilawah Al Quran, baik di era tersebut hingga era kemudian.